Datenbanksysteme und bioinformatische Werkzeuge zur Optimierung biotechnologischer Prozesse mit Pilzen

Grote, Andreas Georg

Die Etablierung des filamentösen Pilzes Aspergillus niger als Wirtsorganismus für rekombinante Proteinproduktion ist ein Ziel, das innerhalb des Sonderforschungsbereiches 578 „Vom Gen zum Produkt“ verfolgt wird. Für die Verwaltung und Analyse experimenteller Daten wurde im Rahmen dieser Arbeit eine Computerschnittstelle geschaffen, mit der die verschiedenen experimentellen Ebenen integriert werden können. Um vergleichende Analysen zwischen verschiedenen Aspergillus-Spezies durchführen zu können, wurden zusätzlich publizierte Daten von anderen Aspergillus-Spezies integriert. Ein bioinformatisches Werkzeug, das sich mit einem konkreten Problem der rekombinanten Proteinproduktion beschäftigt, wurde mit dem Computerprogramm „JCat“ entwickelt. „JCat“ berechnet und passt gegebenenfalls die „Codon Usage“ eines Gens an die „Codon Usage“ des Wirtsorganismus an, mit dessen Hilfe das Zielprotein produziert werden soll.

The utilisation of the filamentous fungus Aspergillus niger as a host organism for the production of recombinant proteins is one of the aims of the Collaborative Research Center SFB 578 “From Gene to Product“. For the storage and the analysis of the experimental data a computational framework was created, which integrates the different experimental sections. The published data of other Aspergillus species was added to make allowance for comparative investigations between different Aspergilli. The program “JCat“, which was developed during this work, deals with a concrete problem during recombinant protein production . “JCat“ calculates and adapts if neccessary the codon usage of a gene to the codon usage of the host organism in which the protein is thought to be synthesised.

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Grote, Andreas Georg: Datenbanksysteme und bioinformatische Werkzeuge zur Optimierung biotechnologischer Prozesse mit Pilzen. 2008.

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