An object-oriented database for the compilation of signal transduction pathways

Schacherer, Frank

Transpath ist ein Informationssystem fuer Signaltransduktionsnetze. Der Fokus liegt auf Signalpfaden und -kaskaden, die an der Regulation von Transkriptionsfaktoren beteiligt sind. Molekuele und Reaktionenen werden als Knoten in einem Signalgraphen aufgefasst und, zusammen mit Informationen ueber ihre Lokalisation, Qualitaet, Familienhierarchien und Signalmotive, in einer objekt-orientierten Databank gespeichert. Weiterhin werden Verweise zu anderen Datenbanken und der Originalliteratur gespeichert. Transpath unterscheidet zwischen den Zuständen eines Signalmoleküles und kann die Reaktionsmechanismen der Signalinteraktionen angemessen beschreiben. Transpath is über das World Wide Web (http://transpath.gbf.de) verfügbar durch ein Servlet-basiertes Interface, das dynamische Sichten direkt aus dem Inhalt der Datenbank erzeugt. Signalpfad-Abfragen und verschiedene Arten der Visualisierung werden zusammen mit textbasierenden Abfragen und Detailinformationen zu einzelnen Eintraegen unterstuetzt. Es wird gezeigt dass die Datenbank zur Analyse des Signalnetzes von Nutzen ist und die Grundlage fuer Simulationen liefern kann. Schlüsselworte: Signaltransduktion, Signalpfad, Netz, Datenbank, Simulation, Petrinetz, Boole'sches Netz, Objekt-Orientiertheit

Transpath is an information system on signal-transduction networks. It focuses on pathways involved in the regulation of transcription factors. Molecules and reactions are the nodes in a signaling graph. They are stored in an object-oriented database, together with information about their location, quality, family relationships and signaling motifs. Also stored are links to other databases and references to the original literature. Transpath differentiates between the states of a signal molecule, and can adequately describe the reaction mechanisms of signaling interactions. It is available over the web (http://transpath.gbf.de) through a Servlet-based interface, that creates dynamic content directly from the contents of the database. Pathway query mechanisms and several kinds of display are provided for the database in addition to text-based queries and information on single entries. We show that the database is useful for analysis of the signaling network and can provide the basis for simulations. Keywords: signal transduction, pathway, network, database, simulation, Petri net, Boolean network, object-orientation

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Schacherer, Frank: An object-oriented database for the compilation of signal transduction pathways. 2001.

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